Das neue Jahrtausend beginnt politisch mit der Forderung der JU die Spendenaffäre aufzuklären. Weiterhin kritisierte die JU den Verlauf der UMTS-Auktion und thematisierte die Gefahr, dass die Mobilfunkunternehmen die immensen Lizenzkosten auf die Verbraucher abwälzen könnten. 2000 gab es eine Diskussion über die Europäische Union, da die Euroeinführung bevorstand. 2001 wird Uwe Gonser neuer Vorsitzender. In seiner Amtszeit gab es Gespräch mit dem Bundestagsabgeordneten Michael Hennrich wie junge Menschen für Politik gewonnen werden können. Dezember 2002 wird Susanne Friedrich zur Vorsitzenden gewählt. 2003 beschäftigte sich die JU mit dem Irakkrieg und positionierte sich dagegen. Weiterhin besuchte sie den Landrat Heinz Eininger und diskutierte mit diesem über die Situation der Krankenhäuser und die bevorstehende Reform der Krankenhäuser Kirchheim und Nürtingen. 2004 wurde Michael Bauer zum Vorsitzenden der JU gewählt. Das Jahr 2005 war geprägt durch Mitgliedergewinnung und der Unterstützung der CDU in Landtagswahlkampf sowie der vorgezogenen Bundestagswahl. 2006 folgte Stefan Hägele auf Michael Bauer und es wurde im Juni 2006 das 50jährige Bestehen der JU mit dem Festredner, dem damaligen JU-Landesvorsitzenden und Bundestagsabgeordneten Thomas Bareiss gefeiert. Umrahmt wurde die Feier durch Gesangs- und Schauspieleinlagen. Außerdem besuchte die JU zusammen mit der Jungen Cda die SWR Rundfunkanstalt und konnten einen Blick in die Regie und Technik der „Vierten Gewalt“ erhalten. Ende 2007 fand die Wahl des CDU Ortsvorsitzenden statt, bei der Thilo Rose mit drei JU-Stimmen Vorsprung gewählt wurde, jedoch wurde diese Wahl später angefochten. Im März 2008 wurde Thilo Rose zum JU Vorsitzenden gewählt, der die JU als Sprachrohr für bundes- und kommunalpolitische Themen ausrichten wollte. Im Juni war die JU mit einem Getränkestand beim Haft- und Hogafest bis tief in die Nacht vertreten. Bei der Klausurtagung wurde ein Positionspapiere zu Lebensmittelpreisen verfasst. Anfang 2009 fand ein Treffen der JU mit Vertretern des im Januar neu gewählten Jugendgemeinderates statt und es folgte die Kommunalwahl, bei der die Hälfte der angetretenen JU-ler (Stefan Hägele und Dr. Thilo Rose) in den Kirchheimer Gemeinderat einziehen konnten. Das Motto des JU-Wahlkampfes lautete: Gib mir drei (Stimmen).